Elle nait le 28 juillet 1839 dans une famille avec peu de moyens. Sa mère, nommée inspectrice d’écoles primaires pour filles et écoles normales d’institutrices, exerce une profonde influence sur Isabelle.
Forte de ses conceptions pédagogiques et de ses idées d’émancipation, Gatti veut retracer les traces de sa mère parmi les milieux sociaux.
Durant son temps libre, et profitant de la riche bibliothèque de la famille chez qui elle travaille, elle commence sa formation en étudiant le grec, le latin, la philosophie et les sciences.
Vers 1861, elle va suivre les cours publics organisés par la Ville de Bruxelles.
Elle a effectué une étude sur la condition sociale de la femme en 1862.
Elle ne gagnera pas de prix, mais fonde une école à son nom et a créé l’idée des écoles gratuites.
En 1864, elle administre aux jeunes filles une formation scientifique solide. Il s’agit de la première véritable école communale laïque d’enseignement moyen pour filles de Belgique.
Elle décède le 11 octobre 1905 laissant derrière elle une école à son nom.
Elle aura formé, entre autres, Marie Popeline et Henriette Dachsbeck.